Solo tienes que crear dos variables diferentes y cada una a su base de datos y luego llamas a cada una. Pero si lo que deseas es unir dos tablas en diferentes lugares, solo tienes que cuando declares una tabla llamarla indicando la base de datos que corresponde, algo así
Código PHP:
Ver originalSELECT
* FROM baseDeDatos
.tabla t1 INNER
JOIN baseDeDatos2
.tabla2 t2 ON t2
.columna
= t1
.columna