Nunca he usado ese servicio que comentas. Generalmente cuando uno debe subir una base de datos pesada lo que debe hacer es hacerlo directamente con la consola del servidor (supongo que tu servidor sera linux) y directamente le das la linea de comandos.
http://www.rinconinformatico.net/com...desde-consola/
Con esta guia creo que se soluciona tu problema.