leer archivo php desde un archivo js en codeigniter

[plazamaster]

estoy utilizando codeigniter para el desarrollo de un sistema. el punto es que para crear un combobox dinamico tuve que implementar js con ajax. tengo unos codigos que funcionan perfecto, pero al tratar de implementarlos en codegniter no puedo puesto que el archivo .js hace referencia a un archivo proceso .php el cual no puedo leer desde el archivo .js este es parte del codigo:

var ajax=nuevoAjax();
ajax.open("GET", "select_dependientes_proceso.php?select="+idSelect Destino+"&opcion="+opcionSeleccionada, true);
ajax.onreadystatechange=function() ......

he probado leer mediante base_url pero no ai caso mi problema es como llegar al alrchivo select_dependientes_proceso.php en codeigniter desde un archivo .js que esta en la carpeta js del proyecto. saludos!