Cita: ¿Como trabajais con consultas muy grandes?
La primera regla de buenas consultas masivas es... diseñar correctamente la base.
Lamentablemente te has metido en un proyecto que puede sacarle canas verdes a cualquiera, y no es sencillo de resolver.
En primer lugar, no tiene sentido ni utilidad intentar resolver las consultas con la base como está, porque jamás serán buenas. Lo que te conviene es migrar la base a una estructura mejor, realizando la normalización y depuración de todos los datos-basura que tienes actualmente. SI no lo haces, sólo estarás perdiendo tiempo y esfuerzo.
En resumen: Todo lo que puedas invertir de tiempo para normalizar esa "cosa" que tienes de fuente de datos, será tiempo ganado al realizar las consultas.