¿Y cual es el problema? Acostumbrate a decir he hecho esto pero me pasa x o y cosa o me muestra tal o cual error.
Código PHP:
"Select * from estudiantes_primarios where cedula = '".$cedula."'"
Yo me imagino que el error puede deberse a la comilla simple que le colocas al número de la cédula. Al ser un dato numérico no es necesario poner la comilla simple porque sino trata al número como una cadena y por tanto no encuentra coincidencia.
Como consejo personal cada vez que tengas un problema de este estilo hazle un echo a la consulta y pega el resultado en un phpmyadmin o un mysql workbench y muy seguramente si la sentencia esta mal te colocara directamente el error.
p.s. Por otro lado si la cedula no esta en una tabla pero si en otra me pareceria un poco molesto para mi como usuario que me saliera uno o dos mensajes de alerta. Para mi con un solo mensaje de alerta en caso de que no se encuentre en las dos tablas es mas que suficiente.