Las bases de datos no "guardan" como comas, porque los números se almacenan como binarios. No como cifras.
En todo caso eso hay que verificarlo con el manual de la librería SQL Server en PHP, que está on-line. Es posible que requiera un formateo específico para tomarlo.
Verifica el uso de parámetros en
http://php.net/manual/en/function.mssql-bind.php
Puede mejorar tu uso de consultas.