Nuevo Formato de Archivo

[free2shout]

Hola,
De primero que queda claro: soy muy nuevo en programación.

Tema:
Me planteo hacer una aplicación en java que utilice su propio formato de archivo (tipo contenedor). Por esto voy a utilizar este thread para poner todas mis dudas según nacen.
Espero encontrar respuesta a la mayoría.
No se por donde empezar, así que la teoría ... de primero.

Dudas:
1. El modelo de formato de archivo es algo estándar?
Por ejemplo estoy mirando la composición del formato XLS (se que no tiene nada que ver con java pero necesitaba una base para arrancar). Dice que esta compuesto por secuencias con subsecuencias. Las ultimas empiezan con registro BOF y acaban con registro EOF. También me he enterado que los registros son bloques básicos con 3 componentes: tipo, tamaño y la información. El tipo de registro tiene una tabla de referencia. La pregunta reformulada es: esto es un modelo estándar para hacer un formato de archivo o es un estándar patentado de microsoft? Yo lo puedo implementar?