Cuestión de eficiencia

[sdnsdlm]

Desde un control permito seleccionar una serie de registros que luego se usan para saber sobre cuales hay que actuar y sobre cuales no. Suelen ser unos 6000 y si el usuario va marcando. Mi pregunta es cómo controlar los que ha marcado. Actualizar la BBDD con 6000 registros y un campo booleano tarda mucho pero luego es eficiente ya que me pemite hacer un where en el SQL atacando al valor de ese campo. Volvar los ID de los seleccionados a un vector es eficiente pero luego tengo que controlar para cada registro sobre el que actúo si el ID está en ese vector o no y aunque escoga uno de los muchos y eficientes métodos de búsqueda en vector se retrasa mucho.
¿A alguien se le ocurre otra manera?

Agradecería solución infinitamente.
Saludos.