Consulta de tres tablas

[gnzsoloyo]

JOINs implícitos no son buena práctica, especialmente con muchos registros.
Por otro lado, esa subconsulta en el IN busca en la misma tabla que ya estás usando en la consulta base, por lo que bien puedes filtrar ese parámetro en la mayor.
Además de eso, no pones los alias en columnas que tienen el mismo nombre, por lo que luego tendrás problemas de acceso al dato obtenido, y usas palabras reservadas en las columnas, lo que es muy mala idea.
Una versión simplificada sería:

Código MySQL:

SELECT 
    a.ID AnotId, 
    a.code AnotCode, 
    f.dtype FolderDType, 
    f.VERSION FolderVersion, 
    f.entrydate FolderFAlta, 
    f.MESSAGE FolderMens,
    f.transactionid FolderTrId, 
    f.folder_id FolderId, 
    f.user_id FolderUserId, 
    f.assignedto_id FolderAsignA, 
    u.username,
    u.NAME UserNomb, 
    o.ID Org_id, 
    o.NAME OrgNonmb
  FROM annotations a
       INNER JOIN organizations o ON (a.organizationid = o.ID)
       INNER JOIN folderlogh f ON (a.organizationid = f.organizationid AND a.ID = f.annotation_id AND o.ID = f.organizationid)
       INNER JOIN users u ON (f.user_id = u.ID)
 WHERE 
       a.code = "1420-21312"
   AND o.ID = "323ff240-61fa-451c-9bbc-809fd0fdeb0c";