Cita:
Iniciado por NUCKLEAR 
Se ve que no tienes idea o no entendiste lo que te dije. La respuesta debes capturarla con javascript. PHP ni nada envia magicamente a tu popup un mensaje para mostrarlo. Debe salir de algun lado, en este caso debes capturar ese mensaje HTML y mandarlo al popup.
1. Lo mas mas fácil va a ser capturar el error desde el html, y esconderlo para que solo sea visible en el popup.
2. mandar directamente el error a la vista directamente con javascript. Supongo que lo tendrias que mandar directamente desde el controlador una vez capturado el error.
Creo haber entendido lo que me dijiste, idea tengo y no creo que con "capturar" te refieras a mostrar. La pregunta la hago porque estoy utilizando una librería de autenticación llamada Tank auth y con ella, algunos errores es posible capturarlos desde php (no sé si hay una manera similar o igual de capturarlos con CodeIgniter) y otros se muestran con form_error. A continuación te muestro cómo se captura un error en un formulario de email, y después se muestra en un pop up:
Código PHP:
<?php if(isset($errors[$email['name']]) != NULL){
echo ''.$popUp.'<div id="pop-up">'.$errors[$email['name']].'</div>';}
?>
Siendo $popUp el script correspondiende en Javascript que lo muestra.
Ese tipo de errores los puedo capturar fácilmente desde php y mostrarlos con Javascript, pero los errores que muestran los form_error no sé cómo capturarlos. Y pienso que debe haber alguna manera de hacerlo.