Hola SamuraiBlanco,
si se puede crear un javascript dinámico te muestro un ejemplo:
Primero crea un fichero llamado javascript_dinamico.php
Código PHP:
<?php
$foo = 5;
if($foo==5):
echo "alert('foo vale cinco');";
else:
echo "alert('foo no vale cinco');";
endif;
Luego crea otro fichero llamado index.php o index.html como prefieras...
Código HTML:
<html>
<head>
<script type="text/javascript" src="javascript_dinamico.php"></script>
</head>
<body>
Hello World!
</body>
</html>
El primer fichero llamado javascript_dinamico.php contiene la lógica para crear el javascript dinámico en base a una condición. Si la variable $foo vale cinco mostrará un alert diciendo 'foo vale cinco' y en caso contrario mostrará otro alert diciendo 'foo no vale cinco'.
El segundo fichero lo único que hace es cargar el "javascript dinámico", que no es otra cosa que un script php que devuelve código javascript.
Espero que te sirva.
1saludo,
Synkronice