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Iniciado por PIRRUMAN 
y ya hiciste lo que te comente ? cambiar la variable e imprimir los querys para que veas como los esta formando,
podria colocar que es lo que te imprimen los querys para darnos una idea de como se esta formando
Si ahi lo hice... y me da este resultado
SELECT nombre FROM dependencias WHERE titular='perezj'
SELECT usuario FROM personal WHERE dependencia='SELECT nombre FROM dependencias WHERE titular='perezj''
You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near 'perezj''' at line 1
La consulta se esta haciendo correctamente, pero el valor de la variable $dependencia esta mal... ya que contiene toda la consulta y no el valor que esa consulta deja.