No uso Wordpress, pero de las cosas que lo hacen tan jugoso es que puedes cambiarle el diseño con plantillas que hay por doquier.
Pero bueno, si quieres hacer algo propio, puedes hacerlo simplemente editando los archivos CSS y demás. Los datos seguirán sin alteración en la base de datos.
Vamos, que no tienes porqué preocuparte de los datos del sitio, ya que al ser páginas dinámicas el diseño va por otro lado diferentes al de los datos.