Hola
Si quieres hacerlo con php, debes de tener un contador para cada fila:
$numfila en este caso que se va incrementado en cada fetch.
Luego se utiliza numfila %2 que devuelve 0 o 1 segun que sea par o impar...
De todas formas para comprobar los datos que utilizas, puedes debugguear tus datos con print_r($row); , etc...
Código PHP:
if(mysql_num_rows($rs)>0)
{
$numfila=0;
// Leemos el contenido de la plantilla de temas
$template = implode("", file("templates/cuerpo.php"));
include('templates/titulos.tpl');
while($row = mysql_fetch_assoc($rs))
{
$numfila++;
$color=($numfila%2 == 0 ?"#CCC":"#F6F6F6");
$row["color"] = $color;
mostrarTemplate($template, $row);
}
}