Sí, como te decía antes, podés usar tu framework preferido para la parte de AJAX; es casi lo mismo.
Fijate que en php tenés que convertir el $_POST['documentacion'] con base64_decode porque lo que enviás con AJAX es el contenido del archivo codificado en base64. Fijate que con mi código php hago eso y lo guardo en un directorio con file_put_contents:
Código PHP:
file_put_contents($_POST['fileName'],base64_decode($_POST['Base64EncodedFile']))
Otra cosa, fijate en esta línea:
Código PHP:
ns.file=e.target.result.split('data:application/pdf;base64,').pop();
Ahí estamos quitando de la cadena que entrega e.target.result esta parte: data:application/pdf;base64,
Eso lo puse así porque tu código indica que sólo querés pdf