A ver, ¿te has puesto a revisar el código HTML que se genera en tu navegador?
Yo veo ningún problema con PHP, simplemente el include se carga donde tu le has indicado, y eso está bien.
Lo primero que dices es que ¿tiene que ver con jQuery?
Bien, si tu primera impresión es que dicho diálogo no se vea en tu pagina podrías ocultarlo con CSS.
¿Sabes si funciona el diálogo o no si pones HTML normal en lugar del include?
Algo muy importante que te está pasando es que repites todo dentro del ciclo, y debes saber que los ID de los elementos de HTML debe ser único, con lo cual rompes dicha regla.
Así también repites código Javascript sin sentido.
Primero deberías de hacer el ejercicio sin usar PHP, únicamente con HTML y Javascript, cuando funcione será mas sencillo entender lo que te sucede.
Que en breve, ya nada tiene que ver con PHP.