La mayoría de las veces se cargan distintas versiones de jquery por plugins mal construidos o demasiado viejos... deberías pensar en cambiar esos plugisn, actualizarlos o repararlos.
si incluyes el jquery en el archivo header.php podrías hacer que cargue unicamente a ciertas paginas utilizando las condicionales de wordpress, revisa esta pagina para que veas como funciona.
http://codex.wordpress.org/Conditional_Tags
sin embargo esto no evitara que se carguen las diferentes versiones de jquery que están llamando esos plugins obsoletos.