Una vez resuelto pasar de pdf a texto plano (es decir cualquiera de las tres posibilidades que das)....
txt no le indica nada a php de la estructura que va a tener el fichero, dependerà de ti, es decir de la estructura que hayas dado a los datos y de tu habilidad para construir un scrip capaz de generar las sentencias INSERT INTO que vas a necesitar....
csv ya empieza a indicar como se deben leer los datos, siempre que hayas construido bien el fichero. MySql es capaz de importarlo directamente
1,0111A
1,0111B
1,0111C
2,0211A
2,0211B
2,0211C
3,0789D
siempre que tengas una tabla con los campos adecuados. Los nombres de campos no te van a llegar con el cvs.... debes conocer la estructura de los datos
xml en este caso, sin dejar de ser un fichero de texto plano, la estructura interna se auto define es decir el xml, si se ha construido correctamente, contendrá toda la información necesaria y php tiene erramientas para leerlo tanto los datos como su estructura
http://es2.php.net/manual/es/book.xml.php
una vez leido deberás construir los INSERT...
Era esto lo que esperabas?