Es un problema de maquetación.... 
 
Si pruebas en cambiar la altura (height:292px;) y el ancho (width:860px;) de la clase 
.jThumbnailScroller de tu archivo css jquery.thumbnailScroller3.css.... a las siguientes medidas... 
height:308px; width:870px; verás como se soluciona en IE (Yo utilizo el 9) pero falla en firefox, chrome y posiblemente en safari (No lo he probado)... por lo tanto tienes que ponerle un hack especifico para IE... haces lo siguiente:  
Cambias:   
Código CSS:
Ver original- .jThumbnailScroller{ position:relative; width:860px;  height:292px;  margin:0 auto 0 auto; border:5px solid #eee; background:#bbb; padding:0; overflow:hidden; -moz-border-radius:5px; -webkit-border-radius:5px; border-radius:5px;} 
Código CSS:
Ver original- .jThumbnailScroller{ position:relative; width:860px; _width:870px; height:292px; _height:308px; margin:0 auto 0 auto; border:5px solid #eee; background:#bbb; padding:0; overflow:hidden; -moz-border-radius:5px; -webkit-border-radius:5px; border-radius:5px;} 
Borra caché antes de visualizar el resultado final.... y solucionado... o eso espero.  
P.D. Si te da error en otras versiones de Internet Explorer, hay hacks más específicos que puedes utilizar:  
ejemplo:    
Código CSS:
Ver original- height:308px !important; /* IE 7 y posteriores sí respetarán la propiedad */ 
- *height:308px; /* IE7 y versiones anteriores */ 
Un saludo!
