Restringir Acceso a Usuario Logeado a Archivos del Directorio

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Hola buen dia, tengo un problema, espero me puedan ayudar, necesito restringir a los usuarios que ya estan logeados dentro de mi aplicacion web, para que no puedan acceder por medio de la URL a los scripts de mi aplicacion, me refiero a los scripts de PHP que utilizo para conectarme a las Bases de Datos, enviar informacion a JS, etc, hasta ahorita he logrado restringir que no puedan acceder a ninguna pagina de mi aplicacion aunque escriban la URL en el navegador si no estan logeados, y tambien restringirles que no acceda a paginas propias de mi aplicacion que no esten autorizados, por ejemplo una vez iniciada sesion un vendedor no puede acceder a la pagina de un administrador aunque escriba la URL, automaticamente lo deslogea y lo redirecciona al index, pero lo que no he logrado hacer es que, estos usuarios una vez logeados no puedan acceder a mis scripts de .PHP que estan en el servidor, por ejemplo si llegasen a conocer el nombre de mis scripts de php y los escriben en la URL del navegador si pueden acceder, como limito esto?
Muchas Gracias.. Saludos!