La API de Facebook es la misma siempre.
Lo que cambia es la librería para acceder a ella, que eso es el SDK.
La diferencia entre el SDK de Javascript y PHP es que Javascript funciona en el navegador, y PHP en el servidor.
Con PHP puedes acceder a base de datos, esa es su naturaleza, nada nuevo.
¡Pero nada tiene que ver con el SDK de Facebook para PHP! 
El SDK de Javascript te sirve mas que nada para ejecutar OpenGraph y UI de manera mas amigable en el cliente, aunque se puede hacer mucho mas que eso.
Pero nada de base de datos con JS, ese no es el objetivo del SDK, si usas Javascript tu tendrás que hacer dichas implementaciones en tu servidor.