Lo que normalmente se hace es colocar un elemento de bloque por encima, con un z-index más alto que el resto de los elementos. Al mismo tiempo, suelen ocultarse los object y embed -a menos que tengan wmode opaque o transparent- y los campos select para viejas versiones de explorer; esto último se hace para que queden debajo de la capa -si no se hace, quedan por encima y no hay z-index que valga-
