Una opción es cargar los CSS mediante código. Yo por ejemplo lo hago en el Page_Init de la master page usando esto:
Código ASP:
Ver originalHtmlHead head = (HtmlHead)Page.Header;
HtmlLink link = new HtmlLink();
link.Attributes.Add("href", Page.ResolveClientUrl("css/" + SeccionWeb + ".css"));
link.Attributes.Add("type", "text/css");
link.Attributes.Add("rel", "stylesheet");
head.Controls.Add(link);
Una opción es que mires de
obtener la URL en la que estés y según eso cargas un CSS u otro.