Consulta con 2 Tablas

[gnzsoloyo]

No estás relacionando al empleado con el departamento. Al menos no correctamente.
Cuando haces un JOIN implícito (la coma), la base de datos intenta emparejar aquellos campos que tienen el mismo nombre, pero en tu caso el campo "codigo" en empleados es el ID del empleado, mientras que "codigo" en Departamentos es el ID del departamento.
En definitiva está dando cualquier cosa.

En el JOIN tienes que explicitar qué campo de la primera lo cruzas con cuál de la segunda, o de lo contrario no tendrás resultados correctos.

Código MySQL:

SELECT 
    A.CODIGO,  
    A.NOMBRE,  
    A.LOCALIDAD 
FROM  
    EMPLEADO A INNER JOIN DEPARTAMENTO D  ON A.codigo = D.CODIGO_EMPL_jefe
WHERE 
    D.DEPARTAMENTO=IdBuscado;
 

Consejo: Nunca uses una palabra simple como ID, CODIGO, COD, NUMCOD o cosa semejante como nombre de un campo. Debes ponerle como refijo el nombre de la tabla, y usar ese mismo nombre para la FK que generes. Eso te facilitará realizar las consultas y entender cómo establecer las relaciones
Esto es, las tablas deberían tener esta forma:

EMPLEADO(EMPL_CODIGO, EMPL_NOMBRE, EMPL_ LOCALIDAD)

DEPARTAMENTO(DPTO_CODIGO, EMPL_CODIGO, EMPL_CODIGO_JEFE)

Es una forma habitual de buenas practicas de desarrollo.