Pues siempre te va a aparecer ya que pones el código dentro del <option>, recuerda que PHP es un Pre-procesador, o sea que primero evalua todo el código y luego te da el resultado, si no quieres que se imprima el option, pues no lo pongas:
Código PHP:
Ver original// mal:
<option><?php if($foo) foo(); ?></option>
// bien
<?php if ($foo) { ?><option><?php echo $foo; ?></option><?php } ?>
Saludos.