Cambiar valor de la tabla mysql con javascript

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A ver, tienes que entender una cosilla para que no te pase más esto, tienes que diferencia lenguajes del lado de servidor con lenguajes de lado del cliente.

JS es un lenguaje que se ejecuta en cliente, es decir, lo interpreta el navegador. Los accesos a BD se realizan con un lenaguaje de acceso a datos (SQL normalmente) pero que se llaman desde servidor con PHP, ASP .NET o Java normalmente.

Lo que quieres hacer es ejecutar desde JS un código PHP que se ejecuta en servidor, esto no se puede hacer ya que el cliente no puede tener acceso a datos que estan en el servidor.

Yo tuve un problema parecido y la forma que veo más fácil para ti es medianta Ajax, Ajax lo que hace es llamar a páginas o trozos de código. Pones tu función php en una pagina en blanco, una página que sólo tenga tu función y con Ajax la recargas, al cargar se ejecutará la función que quieres. Es muy sencillo pero aprendete bien cliente-servidor que te solucionará muchos problemas de este tipo.