Puede realizarlo en el evento del GridView 
RowDataBound, como puede hacer lo, sencillo:    
Código Javascript
:
Ver original- protected void GridView1_RowDataBound(object sender, GridViewRowEventArgs e) 
-    { 
-         if (e.Row.RowType == DataControlRowType.DataRow) 
-         { 
-             Label Dato =(Label)e.Row.FindControl("ID_DEL_LABEL"); 
-             String Key = Convert.ToString(Dato.Text); 
-   
-             if (Key == "A") 
-             { 
-                 e.Row.Cells[2].BackColor = Color.FromName("#c6efce"); // este o el de abajo. 
-                 e.Row.Cells[2].BackColor = System.Drawing.Color.Black; 
-             } 
-             if (Key == "F") 
-             { 
-                 e.Row.Cells[2].BackColor = Color.FromName("#c6efce"); // este o el de abajo. 
-                 e.Row.Cells[2].BackColor = System.Drawing.Color.Green;                
-            }             
-         } 
-     }