¿Por qué preguntas algo de CSS en el foro de PHP?
No me digas que no sabías porque existe un foro de CSS donde te podrían ayudar mejor.
Bueno, no creo que únicamente con CSS se pueda conseguir, hasta donde me quedé no he visto eso que dices.
Sin embargo se me ocurre que bien podrías usar un elemento <span> por cada coma y entonces ahí aplicar algo de estilos.
Con PHP y usando str_replace() puedes fácilmente hacer los reemplazos.
Quedaría así:
Código HTML:
<var class="number">1<span class="sep">,</span> 000<span class="sep">,</span> 000</var>