Muchas gracias, dejo el problema resuelto por si alguien le busca.
Con:
Código PHP:
<?php
$a = 1000000;
$b = number_format($a);
$c = str_replace(",","<span style=\"color:red;\">,</span>",$b);
echo $c;
?>
Se puede simplificar, lo dejo así separado en a b y c para que se entienda mejor.
obtenemos:
1
,000
,000
PD: no, no uso, fue un ejemplo rápido para que se entendiera que tan diferente era lo que hacia entre el numero y la coma, por lo cual no podía utilizar un solo class global para todo el div.
Saludos y nuevamente gracias.