Consulta en dos tablas ??

[gnzsoloyo]

Se trata en esencia de un JOIN, por lo que debes poner sobre qué campos se relacionan las dos tablas, y sólo modificará aquellos donde haya registros coincidentes entre ambas.
Algo ocmo (suponiendo):

Código MySQL:

UPDATE pm_subjects, pm_responses
SET pm_subjects.status_read=1, pm_responses.status_read=1
WHERE pm_subjects.id_pm_subject=pm_responses.fk_id_pm_subject AND pm_subjects.id_user_receiver=pm_responses.id_user_receiver=?
 

Lo que debes tener en cuenta es que el JOIN debe ser mandatorio, y esto significa que sí o si debe haber relación, o el update dará cualquier resultado erróneo.
Si no existe una coincidencia total, no puedes hacer el UPDATE en JOIN.

PD: Para postear en los foros de BBDD debes expurgar todo lo que no sea SQL de tus códigos.