El index.php tiene basicamente esto
<html>
<head>
<title>Documento sin título</title>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="estilos.css">
<script src='funcion.js' type='text/javascript'/></script>
</head>
<body>
<div id="menu">
<ul>
<li><a href="javascript
:mostrar_datos('/carpeta1/archivo1.php);">opcion1</a></li>
<li><a href="javascript
:mostrar_datos('/carpeta2/archivo2.php);">opcion1</a></li>
</ul>
</div>
<div id="datos">
</div>
</body>
</html>
el archivo funcion.js tiene la funcion mostrar_datos.