no se bien que es lo que quieres, pero acomodando un poco tu codigo
Cita: //falta agregar el autoincremento en la celda lote
nuevaCelda.innerHTML="<td><table name='lote["+posicionCampo+"]' id='lote"+posicionCampo+"'></table></td>";
y en esta parte decrementar en 1 tu variable
Cita: var linea= posicionCampo-1;
nuevaCampo = document.getElementById('medios'+linea).insertRow(-1);
nuevaCampo2 = document.getElementById('lote'+linea).insertRow(-1);
El codigo solo agregara las tablas a la ultima linea agregada , no se si eso deseas