Mmm... es difícil saberlo con certeza ya que el problema tiene toda la apariencia de ser al nivel de la base de datos y el query más interno que tienes. Viendo el código, pienso que la causa no tiene nada que ver con el código PHP como tal.
Lo primero que se me ocurre es que el problema está en el segmento
WHERE del query más interno:
Cita: WHERE user_id = topic_poster AND post_id = topic_last_post_id AND manual_topics.forum_id =" . $forum_id
Posiblemente sea a causa de algún nombre de columna ambiguo, es decir, entre las tablas que estás consultando hay columnas que tienen el mismo nombre y estás usando en ese segmento WHERE que te menciono. Pero no lo puedo saber porque no estoy familiarizado con la estructura de la BD que tienes. Quizás si publicas la estructura de las tablas que intervienen podamos estudiarlo más de cerca.
Ah, y a propósito, me ha causado curiosidad algo que has escrito:
Cita: en otras ocasiones no muestra los últimos artículos (si no los que le parece bien)
Yo sé que muy posiblemente lo has dicho en broma, pero creo que no está de más darte mi opinión y es que cuando uno está trabajando en este tipo de cosas; corrigiendo código, depurando información, etc. es muy importante ser bien consciente de una de las premisas de la computación, y es que las máquinas no hacen lo que uno quiere que hagan sino lo que uno les dice que hagan.
Hay un documento muy bonito (que tiene un caracter humorístico, pero profundo después de todo) llamado el Tao de la Programación. En uno de sus literales dice:
<<...Un novato le pregunta al maestro: "tengo un programa que a veces corre y a veces falla. He seguido las normas de la programación, y sin embargo me encentro completamente perdido. ¿Cuál es la razón de esto?"
El maestro respondió: "estás confundido porque no entiendes el Tao. Sólo un tonto espera que sus hermanos humanos se comporten racionalmente. ¿Porqué lo esperas de una máquina que los humanos han construido? Las computadoras simulan determinismo; sólo el Tao es perfecto. Las normas de la programación son transitorias; sólo el Tao es eterno. Por lo tanto debes contemplar el Tao antes de ser iluminado."
"¿Pero cómo sabré cuando haya sido iluminado?" pregunta entonces el novato.
"Tu programa se ejecutará correctamente" respondió el maestro.">>
Un saludo.