Te recomiendo bastante que mires este tutorial de MVC. Si bien no existe una estructura "unica y definitiva" me parece que la que proponen aca es bastante clara y concisa.
http://www.cesarcancino.com/videotut...ance-n766.html
No es obligatorio que sigas todo el tutorial para implementarlo pero al menos mira los primeros para que te hagas una idea general y ya tu veras si usas el mismo o lo adaptas.
Por cierto yo tambien tengo la duda de como implementar zonas privadas y publicas usando MVC. De momento lo poco que he usado ha sido para zonas publicas. ¿Alguien con su experiencia nos podria indicar como hacer para las zonas privadas? ¿Seria necesario hacer una copia del "esqueleto" en una carpeta aparte?