Hola. No soy un experto en C ni mucho menos, pero bien, por lo que entendí, mas o menos lo que tienes es un archivo CSV pero en lugar de comas usas el caracter "|". Lo que primero deberías hacer es es abrir el archivo y almacenar cada línea en un vector. Luego, hacer una función que recorra cada línea y devuelva los índices de ambos separadores. Una vez hecho esto, tendrás los valores en las posiciones 0 - sep1, (sep1 + 1) - sep2 y (sep2 + 1) - sizeof(linea). Fácilmente puedes almacenarlos en tres variables.
Creo que por último únicamente debes analizar los datos obtenidos.
Espero que te sirva.
