Hola Kopectate !!.
La idea que yo tenía en mente, es la primera opción que tu planteas, es decir, generar todos los checkboxes al inicio con php y ocultarlos con javascript (no desactivarlos), y luego, según la opción del select, mostrar unos checks u otros.
Respondiendo a tus preguntas:
Cita: ¿Aparte del select y los checks hay muchos otros elementos?
Pues sí, hay bastantes, hay varias casilas de texto, un menu lateral, y la cabecera de la página.
Cita: ¿Que tan complejo es el formulario fuera de esos tags?
Pues bastante.
Cita: ¿Cual es la necesidad de que los nombres de los checks sean distintos?
La necesidad de que los checks sean distintos, viene de que al ser generados dinámicamente desde una db, sus value y sus name son distintos.
Saludos !!
