Hola, disculpame si no lei tu tema completo pero me aburri montones. Al no ser una pregunta concreta tiende uno a distraerse y no prestar atención a lo que escribes (consejo se mas especifico en lo que quieres)
Como consejo personal te recomiendo y veas este tutorial de mvc que si bien es "básico" (aunque no quiere decir por ello que sea básica primaria) me parece que es lo mas completo que yo he podido conseguir para entender el modelo MVC en PHP.
http://www.cesarcancino.com/videotut...ance-n766.html
Echale una ojeada y seguro al igual que yo aprendera cosas muy interesantes del mismo. Si lo miras y ya despues de verlo tienes una pregunta mas concreta escribela y si es posible tratamos de solucionarla.
Cita: No quiero ver nada de html en el codigo php. Para eso tendría que poder desde el Controlador poder cargar el script listadoUsuarios.php y procesarlo, para despues cargar el script de datosEmpresa.php y procesarlo añadiendo en una zona determinada del layout el listado de usuarios previamente procesado. Así seguiría sucesivamente hasta llegar a procesar plantilla.php.
Pues basicamente lo que necesitas es que en el controlador cargues el modelo de tus usuarios listadoUsuarios.php, saques todas las variables que te interesan y una vez verifiques que cumplan con tus requisitos llamar a una vista. Te recomiendo que no uses una sola plantilla sino varias porque cada pagina sera diferente (colocación de textos, margenes, colores, etc) y en función de ellas tendras que modificar la visualización.
No dejes de mirar el tutorial, es muy bueno.