No sé cómo llegaste a esa conclusión, pero la cosa no es así.
1- Conectas a mysqli, orientado a objetos, porque por procedimiento ya es obsoleto
2- Ejecutas todas las consultas que sean necesarias $result = $mysqli->query(/* consulta */);
3- Al final cierras la conexión, aunque no es requisito
Un ejemplo:
http://www.php.net/manual/es/mysqli....p#example-1731
La conexión puede ser una propiedad de tu controlador primario y accedes a ella por: $controlador->mysqli o, si es propiedad estática por: claseControlador::$mysqli