Cada navegador tiene su propia configuración para establecer fuentes por defecto, tipo y tamaño, incluso para sobreescribir los estilos de la página. Pero esto es independiente de uno y otro. Por lo que deduzco que si, efectivamente es un problema del sistema operativo y no tiene que ver con el css
Probaste en Firefox, por ejemplo,
menu herramientas/ver/estilos/sin estilos
Asimismo, revisaste (siguiendo con el ejemplo de firefox)
El valor predeterminado es 16 para FF, fijate si no aparece otro, de ser asi, y te afecta a todos los browsers, no descartaría algún virus o malware
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