Bueno, mas o menos di con la solución, recorte un trozo de header para que se fuera repitiendo todo el rato y coloque la parte que me interesaba aparte, dejo el codigo de como lo deje:
Cita: body {
background:url(images/top.png) left top repeat-x;
color:#363636;
font-family:'Century Gothic';
}
#header .container {
background:url("images/header.png") no-repeat scroll 250px 0 transparent;
}
Gracias a los dos!