A nivel de MySQL lo que haces es demasiado enredado y no tiene mucho sentido. Parece que no comprendes bien la generación y uso de las PK autoincrementales, ni has visto el tema de transacciones, y tampoco pareces tener claro el sentido de las PK mismas. Para que se entienda: Un autonicremental sólo se genera en un insert, y nadie en su sano juicio lo modifica nunca, con lo que la situación que quieres prevenir, difícilmente exista.
Además, la consulta que propones
no es correcta, no devolverá el dato deseado, y puede caer en conflictos por uso de palabras reservadas. No es correcta porque esa función no aplica a tablas, sino a un valor que gestiona el MySQL. Es un parámetro global de la conexión, y sólo se recupera luego del insert, nada más. No requiere invocación a tablas.
Por otro lado, tu descripción es algo vaga, y no nos das un ejemplo de que "otras cosas" haces luego con el ID. Sin eso es difícil saber si tiene algun sentido lo que planteas.
En cuanto a lo de PHP, aclaranos si tu duda es a ese nivel, porque en este foro no tratamos temas de programación (sólo SQL y BBDD), y de ser así debo mover el post al foro correcto.