Lo que dices es cierto, cuando realizas una petición se comienza a ejecutar el código PHP. Tenés que recordar que PHP
NO es puramente orientado a objetos como Java.
Si estás acostumbrando a trabajar con Programación Orientada a Objetos, te recomiendo utilizar un Framework (en PHP hay infinidad de opciones) los cuales suelen implementar métodos de cargas automáticas de clases (usando
spl_autoload_register y una estructura de ficheros determinada).