A ver, fijate este ejemplo
vas al inicio de esta web
http://foros.emprear.com
que como verás tiene estilos incorporados
Dentro de esa web, esta carpeta
http://foros.emprear.com/ico
tiene heredados del .htaccess de la raiz
Options -Indexes
y como no tiene nigún DirectoryIndex válido genera un status 403 Forbidden, ahora como en el .htaccess de la raiz tengo
ErrorDocument 403 /
Me redirije al inicio, vas a observar que los estilos se mantienen
Es basicamente lo que te indiqué que hagas
(mi ejemplo solo lo dejo hasta mañana, ya que tengo que poner como lo tenia preeviamente)
Puede que algún otro detalle en tu estructura de carpetas y archivos, como son llamados los estilos, etc provoque el comportamiento que decis.
En ese caso, te recomiendo que hagas en parte lo que te señaló @javierflti
en el .htaccess de la raiz remove el ErrorDocument 403, pero asegurate que tengas
DirectoryIndex index.html, y en aquellas carpetas que solo tengan carpetas y no archivos creas un index.html con
<script>
location.replace('/');
</script>
Saludos