primero aclaremos conceptos:
1 -
jQuery es un Framework
Javascript
2 -
Javascript NO es
Java
¿y de todas estás donde entra PHP?: como lenguaje del lado del servidor para conectar con la DB y centralizar todo, el hecho es que puedes usar jQuery o algún otro FW javascript, también te recomendaría emplear un FW PHP como Codeigniter2, Symfony2, ZendFW2 (o el que más te convenga)
en el caso de javascript, ¿lo ideal es estudiarlo, no te parece?: nadie del foro nació programando en Javascript, para ello existen los manuales, uno de los mejore:
http://librosweb.es/javascript/