Pues tal como te lo estan diciendo es correcto. Lo que pasa es que te falta un poco mas de logica.
Supongamos que tienes la opción de subir 10 archivos y le das sus respectivos campos para que el usuario pueda subirlos. Supongamos que de esos 10 solo subio cuatro. eso es tan facil como hacer:
Código PHP:
$total_archivos=count($_FILES);
Debes a su vez recorrer la propiedad name de files para verificar si tienen algun nombre, si esta vacio quiere decir que no tiene archivo ese campo de la matriz y asi podrias saber la cantidad de archivos que fueron mandados. Con ese dato no solo puedes subir todos los archivos sino crear una consulta interactiva en función del número de archivos subidos, no se me parece que hacerlo no sera muy dificil.
En el libro Domine PHP y Mysql de Jose Quijado explican en detalle como subir multilples archivos por si te interesa ver en detalle el código (Obvio que no esta adaptado lo de la consulta sql, pero ya eso es facil de crear).
Igual creo que existen aplicativos en javascript y jquery que ya se encargan de hacer el trabajo sucio que tu pides. Seria cosa de buscar.