eso depende del servidor web, en la practica lo común es dejar el index.php.
si se supone que desarrollas localmente, cada carpeta representa un proyecto, por lo tanto al dirigirte a dicha carpeta puedes estabelcer tu propio index.php individual.
si lo que quieres es hacer pruebas más certeras, incluso emulando el nombre del dominio, tendrás que configurar host virtuales (virtualhost apache), donde incluso puedes añadir la dirección de dominio a tu archivo hosts del OS y emular completamente el sitio
consulte la documentación de Apache, ejemplo de virtualhost:
Código Apache:
Ver original<VirtualHost *:80>
ServerName www.ciproyecto1.com
DocumentRoot "/var/www/ciproyecto1"
DirectoryIndex index.php
<Directory "/var/www/ciproyecto1">
AllowOverride All
#Allow from All
</Directory>
</VirtualHost>
si te fijas con DirectoryIndex puedes cambiar el archivo por defecto