Hola,
Otra solucion (para el caso en que PHP se pare) es guardar el fichero fuera de los directorios que son accesibles via web. Me explico. Si el directorio raiz de tu sitio es /usr/www/html, puedes guardarlo en /usr/phpinc y añadir ese directorio al include_path en el php.ini. Al estar fuera del subdirectorio del sitio web, no hay forma que nadie acceda poniendo
http://www.dominio.com/dir/tufich.inc
Saludos.