Ay, emprear, 
 
¿Eso significa que tendría que montar todos los posts nuevamente y perdería las fechas en que fueron montados? ¿o guardando las bases de datos se recupera toda esa información? 
A mí también me sorprende que mi .htaccess sea tan extenso.  Tengo Wordpress 3.5.1 
Se me ocurre otra cosa; ¿No será que mi web fue hackeada y le borraron el php.index y le eliminaron o agregaron código en algunas partes?