...pues antes que nada deberías consultar si se puede patentar...no todos las aplicaciones se pueden registrar, por experiencia propia, patentar software hoy es muy complicado, porque hoy hay miles de patentas registradas, al punto que hay patentes de software que todavía no han sido desarrollado y que son aun una idea...entonces esto lleva a que tengas mas posibilidad de que tu software tenga un cierto parecido a otros ya desarrollados o a desarrollarse, y yo ya es suficiente para que no puedas registrarlo... tendrías que consultar
http://www.safecreative.org/ o
http://www.agenciaescrow.com/
...tambien tienes que evaluar...que pretendes de tu patente? ganar dinero? o,compartir con la comunidad pero que se reconozca que es tu autoria?...si es asi, puede usar Creative Commos que tienen varias opciones para ofrecerte
http://creativecommons.org/licenses/