Estás combinando lenguaje en contextos totalmente incompatibles, no es un error de php, es un error humano.
No puedes mezclarlos de esta forma ya que PHP se ejecuta en el servidor y Javascript en el cliente, si fueras mi alumno ya te hubiera hecho repetir curso.
No es que al imprimir $country_code devuelva "ES" es que en realidad imprimes el código Javascript que trae consigo y por ende se ejecuta imprimiendo "ES", al verlo en el navegador obviamente parece que estás obteniendo ese valor, pero eso no es cierto.
En resumen PHP se ejecuta primero, entonces lo que ves en tu pantalla es únicamente el HTML que se generó, incluyendo Javascript.
Para que puedas ver tu error con claridad has esto:
Código PHP:
echo htmlspecialchars($country_code);
Y verás que no es para nada "ES".